Наш сюжет начинается с конца 515 манги
*С небольшими изменениями.

С чего все начинается :
Мадара и Кабуто готовиться к наступлению. Кабуто потихоньку начинает оживлять бывших членов акатски. Формирование отрядов положено на плечи к Мадаре. Саске в это время пополняется силой в лаборатории. Мадара оставляет Зетсу присматривать за Саске, боясь, что во время сражения Кубуто схватит его.
Нагато чудесным образом оказывается жив, имея лишь один глаз Рененган. Второй же глаз забрал Учиха. Нагато начинает возрождать Пейна, собирая по миру новые, более совершенные тела. Он с помощью дзюцу бабушки Чиё воскрешает свою напарницу Конан. Значит ли это, что Пейн продолжит приносить миру боль?
У альянса шиноби проходят последние приготовления к выдвижению армии. Разделении на отряды прошло успешно. Капитаны знакомятся со своими партнерами и дают им четкие указания.
Наруто и Киллер-Би проходят тренировки на скрытом острове, но об этом уже прознал Мадара и направил туда Кабуто и воскрешенного им Дейдару. Несмотря ни на что, Наруто продолжает пытаться контролировать силу лиса.
Грядет буря...